Məlumdur ki, 1920-ci il aprelin 28-də Azərbaycanda 2-ci respublika- Azərbaycan İctimai Şuralar Cümhuriyyətinin qurulduğu elan edilir və qısa müddət sonra Mir Cəfər Bağırov Qarabağ Vilayəti Hərbi Şurasının sədr müavini və Vilayət Partiya Komitəsinin Rəyasət Heyətinin sədrinin birinci müavini seçilir. 1920-ci ilin mayında Azərbaycanın digər bölgələrində olduğu kimi Qarabağda da Azərbaycan Şura hakimiyyətinə qarşı üsyan baş qaldırır. Buna baxmayaraq Qarabağda Nuru paşa ilə Zeynalovun qaldırdığı üsyanı yatırtmaq üçün Hərbi və Dəniz Komissarı Çingiz İldırımı Qarabağa göndərirlər. Lakin onun bu sahədə səyləri tamamilə iflasa uğrayır. Buna görə də Qarabağdakı üsyanı yatırmaq Mir Cəfər Bağırova həvalə olunur.
1920-ci ilin mayında Qarabağda üsyan qaldıran keçmiş Müsavat Ordusunun zabiti Zeynalov ilə Qarabağ Vilayəti Hərbi Şurasının sədr müavini Bağırov arasında Dronun rəhbərlik etdiyi daşnak quldur dəstələrinin yerli əhaliyə qırğın törətməsinin qarşısını almaq üçün danışıqlar gedir. Bağırov danışıqlar zamanı Qarabağda müsəlman əhalinin təhlükəsizliyinin təmin olunacağına zəmanət verməklə yanaşı üsyançıların Şura hökumətini tanıması üçün üsyançılara bəzi şərt və təkliflər də irəli sürür. Zeynalov da Bağırovun şərt və təkliflərini qəbul edir.
Bundan əvvəl Nuru paşa Bağırova Şura hakimiyyətinə solidarlığını (həmrəyliyini) bildirən məktub yollayır və üçüncü gün Şuşaya gəlmək niyyətinin olduğunu bildirir. Ancaq 1920-ci il mayın 5-də Nuru paşa Zeynalovla birləşərək Şuşada çevriliş həyata keçirir və onlar Qarabağda diktatura quraraq kommunistləri və onlara pərəstiş edən hər kəsi həbs edir. Nuru paşanın diktatura quraraq kommunistləri və onlara pərəstiş edən hər kəsi həbs etdiyini öyrənən Bağırov özünün də həbs olunmasının yaxında olduğunu görür. O, əvvəlcə gizlənir, sonra isə Bərdəyə gəlir.
Nuru paşa və Zeynalovun rəhbərliyi ilə Qarabağda Azərbaycan Şura hakimiyyətinə qarşı üsyan baş versə də Cəbrayıl istiqamətinə yol alan Nuru paşa ilə Zeynalova yerli camaat qoşulmur. Belə olduqda onlar İrana keçərək aradan çıxırlar. Başsız qalan silahlı dəstələr döyüşməyi qərara alır. 11 iyunda Cəbrayıldakı üsyançıları zərərsizləşdirmək Araz çayı sahilində əməliyatlar keçirən Mir Cəfər Bağırova həvalə olunur. 12 iyunda ağır silahlara, o cümlədən 3 artileriya, 2 mortir, 5 pulemyota malik üsyançılar Ağdamda Bağırova təslim olur və üsyançılar evlərinə buraxılır.
Rusiya tarixçisi Vsevolod Veselov "Bolşeviklər Azərbaycanda, aprel-iyun 1920-ci il" adlı kitabında Mir Cəfər Bağırovun Qarabağ üsyanını dinc və sülh yolu yatırmasında oynadığı rolu qeyd edərək yazırdı:
"Respublikada (Azərbaycan SSR) Stalin siyasətinin gələcəkdəki icraçısı Mir Cəfər Bağırov Qarabağda özünü yaxşı tərəfdən göstərərək üsyanın əsas benesifiarı oldu".
Beləliklə, Mir Cəfər Bağırov Azərbaycan Şura Cümhuriyyətini devirmək istəyən üsyançıları evlərinə göndərərək Qarabağ üsyanını dinc yolla yatırır.
Mənbə: Всеволод Веселов. (2021). Большевики в Азербайджане (апрель - июнь 1920).
